Магистерское отделение Самаркандского института экономики и сервиса предлагает магистратуру по специальностям «Экономика» (по отраслям и отраслям), «Антимонопольное управление и развитие конкуренции», «Менеджмент» (по отраслям и отраслям), «Маркетинг» (по отраслям и отраслям), «Аудит» (по отраслям и отраслям), продолжают свою научную деятельность по специальностям «Банковское дело и аудит», «Государственные финансы и международные финансы», «Организация и управление гостиничного хозяйства», «Туризм» (по видам деятельности). 26 из 126 магистров обучаются на 1 курсе, 100 на 2 курсе. Основными задачами отдела магистратуры являются организация и осуществление учебного процесса по подготовке магистров, контроль качества образования и обучения, контроль за выполнением учебной и научно-исследовательской работы, подготовка к будущему трудоустройству магистров. Помимо регулярного контроля за размещением и регулярной подготовки отчетов, он заключается в подготовке потенциальных магистров с высоким уровнем научно-практических знаний и профессиональных навыков.