Samarqand iqtisodiyot va servis instituti Magistratura bo’limida magistrlar Iqtisodiyot (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha), Monopoliyaga qarshi boshqaruv va raqobatni rivojlantirish, Menejment (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha), Marketing (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha), Audit (tarmoqlar va sohalar bo‘yicha), Bank ishi va auditi, Davlat moliyasi va xalqaro moliya, Mehmonxona xo’jaligini tashkil etish va boshqarish va Turizm (faoliyat turlari bo’yicha) mutaxassisliklari asosida ilmiy faoliyatini davom ettirishyapti. Magistraturada 126 ta magistrdan 26 tasi 1-kursda, 100 tasi 2-kursda ta’lim olmoqda. Magistratura bo’limining asosiy vazifalari  magistrlarni tayyorlash bo’yicha o’quv jarayonini tashkil qilish va amalga oshirishga, ta’lim va o’qitish sifatini nazorat qilishga, o’quv-izlanish va ilmiy-tadqiqot ishlarini amalga oshirilishini nazorat qilishga, magistrlarning kelgusida ishga joylashishi ustidan muntazam monitoringni amalga oshirib va shular yuzasidan muntazam ravishda hisobotlar tayyorlashga ko’maklashish bilan bir qatorda yuqori darajadagi ilmiy hamda amaliy bilimlarga ega, kasbiy ko’nikmalari shakllangan salohiyatli magistrlarni tayyorlashdan iborat.